Zalążkiem powstania obecnej Katedry Handlu Zagranicznego było utworzenie w połowie 1969 r. Zakładu Ekonomiki i Organizacji Handlu Zagranicznego w ramach Instytutu Obrotu Towarowego na ówczesnym Wydziale Ekonomiki Obrotu. W 1973 r. Zakład Handlu Zagranicznego został przeniesiony na Wydział Ekonomiki Produkcji stając się częścią nowo otwartego Instytutu Międzynarodowych Stosunków Społeczno-Ekonomicznych, którego kierownikiem był Prof. Bogusław Jasiński. Od samego początku Zakładem Handlu Zagranicznego kierował doc. dr Stanisław Chociej. Jego „prawą ręką” był przez dłuższy czas dr Klemens Budzowski, aktualny Kanclerz Krakowskiej Akademii im. Andrzeja Frycza Modrzewskiego.

W 1988 r. na czele Zakładu stanął dr hab. Stanisław Wydymus, który w 1993 r. uzyskał tytuł profesora, a z dniem 1 kwietnia 1992 roku w ramach reorganizacji całej uczelni  objął kierownictwo w utworzonej Katedrze Handlu Zagranicznego.

Po zmianie struktury organizacyjnej naszej Uczelni, jaka dokonała się w międzyczasie Katedra Handlu Zagranicznego znajduje się obecnie na Wydziale Ekonomii i Stosunków Międzynarodowych (w latach 1992-2002 na Wydziale Ekonomii).

Od 1992 roku Katedra sprawuje opiekę merytoryczną nad specjalnością „Handel zagraniczny” funkcjonującą najpierw w ramach kierunku „Międzynarodowe stosunki gospodarcze i polityczne”, następnie „Stosunki Międzynarodowe”, a aktualnie „Międzynarodowe Stosunki Gospodarcze”. W obrębie specjalności „Handel zagraniczny” powołano w latach 90. XX wieku, z inicjatywy Prof. dr hab. Stanisława Wydymusa i Prof. dr hab. Janusza Teczke profil dydaktyczny o nazwie „Zarządzanie międzynarodowe”, który następnie uzyskał status samodzielnej specjalności.

Po 25-latach kierowania Katedrą prof. zw. dr hab. Stanisław Wydymus na swojego następcę wskazał prof. UEK dr hab. Krzysztofa Wacha, który z dniem 1 września 2016 r. został powołany przez JM Rektora na Kierownika Katedry.